企业合并的税收实务处理

来源：刑辩痴人刘平凡律师网日期：2025/3/11 15:37:47 浏览：7

序言

企业合并的理由五花八门，笔者近期接到多个咨询，有关联企业之间，因为子公司经营不善，想收缩业务的；也有非关联企业之间，因为业务扩张、兼并或收缩，产生吸收合并或者新设合并，想同步考量整体税负最优的。

对于合并后被合并方原债权债务的承继，无论是吸收合并还是新设合并，公司法均有非常明确的规定。《中华人民共和国公司法》第二百一十八条，公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。《中华人民共和国公司法》第二百二十一条，公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

然而，在税收实务处理中，合并是一种非常复杂的企业重组类型，涉及被合并方各项资产以及被合并方股东的税收实务处理。如果合并方支付的合并对价不是现金或现金等价物，也将涉及合并方的税收实务处理。因合并中当事各方对税收政策理解的偏差以及各地方税务机关执行口径的不同，合并中经常会因为高额税负的产生而被迫终止或搁置。本文将从税收的角度浅析企业之间的合并行为，探讨当事各方应当重视哪些方面的税收实务处理。

企业合并一般分为控股合并、吸收合并和新设合并。因控股合并本质上是一种股权收购行为，不属于公司法上的合并，本文对控股合并不作讨论。新设合并与吸收合并类似，无非是新设合并的被合并方为多个企业主体，本文以吸收合并为例探讨税收实务处理，吸收合并的税收处理方式可同样适用于新设合并。同时，因跨境合并牵扯到国际税收，且适用我国各项税收优惠政策的情形较为苛刻，本文探讨的企业合并仅限于依据我国有关法律法规设立并在中国境内注册的企业之间的合并行为。

企业合并涉及的多个税种

我国现行税种共18个（在此基础上，税务机关还代收各类费用，例如教育附加和地方教育附加），每一类交易行为均可能涉及1到N个税种的税收实务处理。企业合并涉及的税种主要有增值税、土地增值税、企业所得税、个人所得税、契税等税种。

假设被合并方的资产包含存货、土地、房产等高价值资产。涉及的多个税种如下所示：

1. 因存货所有权发生变更，被合并方将可能需要缴纳增值税；

2. 因土地、房产所有权发生变更，被合并方可能需要缴纳增值税、土地增值税，合并方可能需要缴纳契税；

3. 因被合并方注销，被合并方可能需要按照注销清算缴纳企业所得税，被合并方的原股东可能需要按照收回投资缴纳企业所得税（股东为法人）或个人所得税（股东为自然人）。

企业所得税

企业所得税关于企业合并最重要的文件是《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号文）。

一、企业所得税关于合并的定义

《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）第一条第五款，合并，是指一家或多家企业（以下称为被合并企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（以下称为合并企业），被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。

从上述定义看，若合并方取得的仅是被合并方部分资产和负债，属于资产收购行为，不适用59号文对合并的税务处理规定。

二、企业所得税处理规定

《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）第二条第四款，企业合并，当事各方应按下列规定处理：1.合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。2.被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。3.被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。

《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）第六条第四款，企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理：1.合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。2.被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。3.可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。4.被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。

在实务中，上述第二条第四款，通常被称为一般性税务处理；上述第六条第四款，通常被称为特殊性税务处理。

三、一般性税务处理

依据财税〔2009〕59号第二条第四款，按照合并方支付对价方式的不同，可以分为如下三类情形。

（一）合并方支付的对价为自身股权

税务处理方式如下：

1. 被合并方B公司按清算处理确认所得或损失；

2. 被合并方股东按收回投资进行所得税处理；

3. B公司的亏损不得在A公司结转弥补；

4. 合并方A公司按照公允价值接收B公司的全部资产、负债。

（二）合并方支付的对价为非自身股权

税务处理方式如下：

1. 被合并方B公司按清算处理确认所得或损失；

2. 被合并方股东按收回投资进行所得税处理；

3. B公司的亏损不得在A公司结转弥补；

4. 合并方A公司采用非货币资产支付对价时，按照资产转让确认所得或损失；

5. 合并方A公司按照公允价值接收B公司的全部资产、负债。

（三）母公司无对价吸收合并子公司

税务处理方式如下：

1. 被合并方子公司按清算处理确认所得或损失；

2. 合并方母公司按收回投资进行所得税处理；

3. 子公司的亏损不得在母公司结转弥补；

4. 合并方母公司按照公允价值接收被合并方子公司的全部资产、负债。

四、特殊性税务处理

依据财税〔2009〕59号第五条，想要适用特殊性税务处理相关政策，必须同时符合下列条件：（一）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。（二）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。（三）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。（四）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。（五）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。

依据财税〔2009〕59号）第六条第四款，特殊性税务处理按照合并方支付对价形式的不同，可能产生如下两种不同的税务处理方式。

（一）合并方有对价进行合并

该方式下，合并方股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，合并方必须用自身股权支付对价，如果合并方采用持有的其他股权支付对价，不满足特殊性税务处理的相关条件。有对价合并示例：

合并方增发自身股权支付对价示意图（甲、乙均为法人股东）

1. B公司资产负债情况（单位：万元）

B公司	资产	负债	净资产
公允价值	3000	1000	2000
计税基础	2000	1000	1000

2. 交易方案

（1）合并方A公司支付对价为2000万元，全部为股权对价；

（2）被合并方股东甲分得股权对价1200万元；

（3）被合并方股东乙分得股权对价800万元。

3. 税务处理方式如下：

（1）合并方A公司取得被合并方B公司资产的计税基础为2000万元，负债的计税基础为1000万元；

（2）被合并方股东甲取得合并方A公司股权的计税基础为1200万元；

（3）被合并方股东乙取得合并方A公司股权的计税基础为800万元；

（4）被合并方B公司注销但无需清税，合并前的相关所得税事项由合并方承继；

（5）合并方A公司可弥补的被合并方B公司亏损的限额=B公司净资产公允价值2000万元×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。

4. 若支付对价中包含非股权支付部分，在满足特殊性税务处理规定时，非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）。同时，根据非股权支付对应的资产转让所得或损失，相应地调整合并方、被合并方取得资产和负债的计税基础。

（二）合并方无对价进行合并

依据财税〔2009〕59号）第六条第四款，同一控制下且不需要支付对价，在满足条件时可以适用特殊性税务处理。因该政策规定没有明确同一控制的具体情形，在实务中，税务机关倾向认为，仅母公司持有子公司100%股权时，母公司吸收合并子公司可以适用，其示意图如下所示：

税务处理方式如下：

1. 合并方母公司不需要支付对价，接受被合并方子公司资产和负债的计税基础以被合并方子公司原有计税基础确定；

2. 被合并方子公司注销但无需清税，合并前的相关所得税事项由合并方承继；

3. 合并方母公司可弥补的被合并方子公司亏损的限额=被合并方子公司净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。

增值税

一、增值税视同销售

《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条第六款，单位或者个体工商户，将自产、委托加工或者购进的货物作为投资，提供给其他单位或者个体工商户，视同销售货物；第四条第七款，将自产、委托加工或者购进的货物分配给股东或者投资者，视同销售货物。

《财政部税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第一条，在中华人民共和国境内（以下称境内）销售服务、无形资产或者不动产（以下称应税行为）的单位和个人，为增值税纳税人，应当按照本办法缴纳增值税，不缴纳营业税；第十条，销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产；第十四条，下列情形视同销售服务、无形资产或者不动产：（二）单位或者个人向其他单位或者个人无偿转让无形资产或者不动产，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外。

基于以上规定，企业合并过程中，无论是有对价合并还是无对价合并，因被合并方的资产（货物、无形资产、不动产）发生所有权转移行为，被合并方应当按照视同销售缴纳增值税。

二、例外情形

《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。《财政部税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第二款第五项，在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，其中涉及的不动产、土地使用权转让行为，属于不征收增值税项目。

基于以上规定，企业合并过程中，被合并方向合并方转移货物、不动产、土地使用权时，如果满足上述政策，因不属于增值税征税范围，被合并方无需缴纳增值税。值得注意的是，上述政策不包含土地使用权以外的其他无形资产，被合并方应当正常缴纳因无形资产所有权变更所产生的增值税。

土地增值税

一、土地增值税基本规定

《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第二条，条例第二条所称的转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为。不包括以继承、赠与方式无偿转让房地产的行为。

基于以上规定，企业合并过程中，被合并方向合并方转移土地使用权、房地产时，被合并方应当缴纳土地增值税。

二、土地增值税优惠政策

《土地增值税财政部税务总局关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的公告》（财政部税务总局公告2023年第51号）第二条，按照法律规定或者合同约定，两个或两个以上企业合并为一个企业，且原企业投资主体存续的，对原企业将房地产转移、变更到合并后的企业，暂不征收土地增值税。

在合并中，能否免征土地增值税的核心是原投资主体是否存续。2023年51号文第八条进一步规定，本公告所称不改变原企业投资主体、投资主体相同，是指企业改制重组前后出资人不发生变动，出资人的出资比例可以发生变动；投资主体存续，是指原企业出资人必须存在于改制重组后的企业，出资人的出资比例可以发生变动。

基于以上规定，在有对价合并中，若合并方支付的对价不包含自身股权，则原投资主体不再存续，不满足上述规定；在无对价合并中，母公司既是合并方又是被合并方股东，原投资主体是否存续存疑，不确定能否适用上述政策存在，建议合并前咨询不动产所在地税务机关。

2023年51号文第五条同时规定，上述改制重组有关土地增值税政策不适用于房地产转移任意一方为房地产开发企业的情形。因此，值得注意的是，企业合并中，在满足企业所得税特殊性税务处理条件时，不必然满足免征土地增值税的条件。

契税

一、契税基本规定

《中华人民共和国契税法》第一条，在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照本法规定缴纳契税；第二条，以作价投资（入股）、偿还债务、划转、奖励等方式转移土地、房屋权属的，应当依照本法规定征收契税。

基于以上规定，企业合并过程中，被合并方向合并方转移土地使用权、房地产时，合并方应当缴纳契税。

二、契税优惠政策

《财政部税务总局关于继续实施企业、事业单位改制重组有关契税政策的公告》（财政部税务总局公告2023年第49号）第四条，两个或两个以上的公司，依照法律规定、合同约定，合并为一个公司，且原投资主体存续的，对合并后公司承受原合并各方土地、房屋权属，免征契税；第十条，出资人的出资比例可以发生变动。本公告所称投资主体相同，是指公司分立前后出资人不发生变动，出资人的出资比例可以发生变动。

以上规定不难看出，契税与土地增值税的优惠政策较为类似，能否免征契税的核心也是原投资主体是否存续，两者可以一并考虑。

个人所得税

如果被合并方股东是自然人，自然人股东取得合并企业支付的股权对价，在法人股东满足企业所得税特殊性税务处理时，实务中是否征收个税存在争议。

一、不征税观点

《宁波市地方税务局个人所得税热点政策问答（2014年第1期）》

13.问：甲企业吸收合并乙企业，企业所得税处理符合特殊性重组的条件。其中乙企业股东全部为自然人，合并后乙企业的自然人股东按照净资产公允价值的比例持有合并后企业的股权。请问合并之前乙企业的留存收益是否需要缴纳个人所得税？

答：对甲企业吸收合并乙企业，如企业所得税处理符合特殊性重组条件，乙企业自然人股东所取得甲企业股权按历史成本计价的，暂不征收个人所得税。如不符合上述条件的，对乙企业自然人股东应按“财产转让所得”项目征收个人所得税。

二、征税观点

《大连市地方税务局关于加强企业注销和重组自然人股东个人所得税管理的通知》（大地税函〔2009〕212号）

　　对按照《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）规定，企业合并选择特殊性税务处理的，以被合并企业合并前的企业期末留存收益、资本公积和非股权支付对应清算所得和损失之和，按股东所占股份比例计算的部分确认为应纳税所得额，计算征收“利息、股息、红利所得”项目个人所得税，应纳税所得额=[企业期末留存收益+企业期末资本公积+（被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）]×股东所占股份比例。

三、笔者认为

在实务中，持征税观点的税务机关较为普遍，建议合并各方当事人应与当地主管税务机关沟通避免税务风险。

结论

企业合并是一个复杂的过程，涉及多个方面的难点和挑战，需要遵循相关法律法规，包括合并方式、合并成本的构成、合并后债权债务的承继等。同时，企业合并也是非常重要的税收重组行为，合并过程中的税务问题需要特别注意，包括合并后的税务优化和合规路径设计。在实务中，需要综合考量多税种的协同处理问题，并制定相应的策略和措施，必要时，应提前与所在地主管税务机关进行充分沟通，避免出现税收政策和执行口径理解上的偏差，以确保企业合并的顺利进行和企业的持续发展。

本文仅代表作者个人观点，不构成税收实务处理建议，如有错误和疏漏，欢迎批评指正。